質問者が納得ハイパールーフレールは、室内の天井内張りを外すと、ルーフレールの取付部分が見えてきますので、その部分をスパナやボックスレンチで緩めると外せます。(当然、電気系統の配線も外しますが・・・)
あとはルーフに空いた穴をふさぐ方法をどうするか考えないと、穴埋めの仕方が悪いと水漏れしますから・・・。鈑金というレベルではなく、何か化粧ボルトやキャップで埋めておくのが一番リーズナブルな手だと思います。
ちょうど車高が高いクルマなので、ルーフを見られて見栄えの良し悪しを言われる事はあまり無いと思います。
先にも書きましたが...
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