質問者が納得他の方も言われているように、もたつきと異音は原因が別だと思います。
息つきのようなもたつきで最初に疑うのはプラグです。プラグの劣化、たぶん1,2本死んでいるのではないでしょうか。異音は下からということなのでミッションマウントが怪しいですね。とりあえず年式と走行距離から考えて、交換していないならデフオイルとATF、ついでにエンジンオイルの交換とプラグの点検だけはしてみてください。プラグでなければsypc44さんが言われているようにエアフロメータの診断もした方がいいでしょう。
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