質問者が納得写真がUPされていないので真偽のほどは分かりませんが、それが事実ならありえない話ですね。
もしかしたら、輸出前のどこかで（輸送中に）傷を付けてしまい、そこで修理して日本へ入ってきた可能性がありますよね。
どうせドアの修理をするならD立会いの元で塗膜を削ってみたらどうでしょう？
そこでﾎﾝとに色の間違いであれば、塗装の吹き直しをしてもらえばいいし、修理していたのなら新車交換してもらうべきでしょう。
ただ、所詮VWは日本の品質基準と違いそこらへんはｱﾊﾞｳﾄな認識なのかもしれませんね。
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