質問者が納得アメ車の場合どうでもいいことでもCESのランプが点きます。
質問の症状からいくとバルブシールの劣化やバルブクリアランスの異常で不完全燃焼が起こっているのではないでしょうか？
タイミングベルトがゴムの国産車にはよくある現象だと思いますが96エクスプローラーがどうだったかは記憶がありません。
94まではタイミングチェーンなのでなんともありませんでしたが一度確認の上でゴム製だったら変えてみるのも手かもしれません。
ちなみにバルブシールなどの劣化でヘッドのオーバーホールが必要な場合は10万ぐらいかかります。
ご参考...
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