質問者が納得ＡＰＳフィルムのベース色（オレンジ色）に関しては原稿台全面を取り込み、
ベース部分も取り込むことで補正可能です。
データをポジネガ反転して、ベース部分を基準白にしてホワイトバランスの調整を行うと一発で補正出来ます。
ホルダーに関しては使えません。自作をする、直接ガラス上に置く（ニュートンリングが発生するので画質が良くない）などの方法もありますが、
APSに対応したフィルムスキャナーを買うのがもっともオススメです。
例えば、DiMAGE Scan Duaｌ IVはヤフオクなどで1万円程度で取引されています...
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