質問者が納得スキャナ用紙置きの両端にポストイットを使用。
スキャナ側にポストイットの糊のない方を向けてセロテープなどで貼り付け、用紙側にポストイットの糊のある方を向ける。
用紙を置いたらポストイットの弱粘性の糊で用紙を支える。
と言う方法では如何でしょう?用紙を傷めず多数回の使用が出来るでしょう。
これでもずれるとなると、スキャナそのものの特性として機械的にずれているのでしょう。その場合は機械に合わせてエッジ部分へスキャン結果がきっちり真っ直ぐになる様に薄いプラスチックのルーラーを置く事でしょう。
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