質問者が納得マイクロソフトのサポート情報にある手順は試しましたか？
まだでしたら下記のページを参照してください。
こういった質問ではOSの種類も明記された方がいいです。またエラーメッセージなどは正確に書き移してください。おそらく「１６ビットｗｉｎｎｄｏｕｓサブシステム」ではなく「16ビットWindowsサブシステム」というダイアログが開いたと思いますし、「このファイル」ではなく具体的なファイル名が示されたのではないかと推測しますが、違いますか？
Windows2000の場合 http://support.micros...
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