GT-9300UF 黒ペンの解決方法

質問者が納得スキャナは全体を一つの画像としてしか認識してませんからそんなことはできません。 取り込んだ画像を一旦、フォトショップなどで背景を赤にして赤字を埋めてしまって、今度は赤を白で置換すれば黒字だけにすることは出来ると思います。