質問者が納得PCIexpressx16のバージョンは1.0ではなく1.1（所謂gen1)だと思います。1.0は事実上存在しません。
お気づきの通り、原因はPCIexpressの速度の限界にあると思います。
お示しの情報から、お使いのマザーボードはNEC Express5800 S70 SDと言う格安サーバー機向けの物で、最新のグラフィックボードを挿して使うようには設計されていないと言っても言い代物です。
加えて、お使いのＭ／ＢのICH9RはＳＡＴＡ３Ｇまでの対応ですので、お使いのＳＳＤがどのような物か判りませんが...
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