質問者が納得OCRというツールを使います。フリーウェアでは下記のサイトご覧ください。
http://www.geocities.jp/ocrmania/free.html
有料の場合も、高ければ精度がいいとも言えないのがOCRです。スキャナーとの相性もあります。
補足について
PDFはどうやって作られたかによって、変わります。Adobeは高額なため、多くは画像として保存してある場合（プリンタドライバ式）が多いです。したがって、テキスト抽出ができないんです。それでも上書きしたいときがあるので、有料ですがアンテナハウ...
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