質問者が納得たしか５×チップセットってサウスブリッジが
転送速度が遅いＧＥＮ１だったはず。
サウスチップ<--250Mb/s：2Gbps-->外部チップ
外部チップ対応ＵＳＢ３．０やＳＡＴＡ３の転送速度が
仕様どうり出ていない。
ＳＡＴＡ０ポートにＳＳＤを繋ぐと転送速度が遅い
認識が不安定な物があったと報告がある。by 価格.com
ＳＡＴＡ０にＨＤＤ、ＳＡＴＡ１にＳＳＤなら発生しないと。
ＨＤＤをＳＡＴＡ０、ＳＳＤをＳＡＴＡ１にしてみたらいかがでしょうか。
起動設定はＳＡＴＡ１に。
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