質問者が納得たぶん、オンボードのライン出力からスピーカーにつなげていると思いますが、本体内部のノイズを拾って音割れや雑音が聞こえることがあります。
頻繁に起こるのでしたら、別途サウンドカードを増設するか、USB接続タイプのスピーカーを使うといいです。
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