質問者が納得any_video_converterはいかがでしょうか?
http://jp.any-video-converter.com/any-video-converter-free.php
音ずれする素材に対しては右下の設定「a/v同期」をdefaultにすれば
自分が今まで検証した中では全て改善されていました。
ちなみにこのソフトのヘルプでもこのことが書かれています。
http://www.anvsoft.jp/any-video-converter-support.php#a5
100%成功の確証はあり...
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