Classic 1 MacOS10.4.9の解決方法

質問者が納得僕はなったこと無いので分からないですが、OSインストール用のCDから立ち上げて(OS9　OSXそれぞれの)ディスクユーティリティー(OSX)やDisk First Aid(OS9)などでそれぞれの起動ディスクを修正した方が良いかもしれませんね。OSXは特にUNIX特有のアクセス権の修復や、ディスクの修復を1ヶ月に１回程度やった方が良いですよ。