質問者が納得その環境を見る限りでは、その動画の作り方などに問題があるとしか思えません。
普通に他の動画で起こることはないと思うので、試しにhttp://www.vid-dl.net/
こういうサイトで動画をダウンロードして、Gom Encoder
http://www.gomplayer.jp/encoder/
こういうソフトでiPodに入れられる形式に変換してiPodに入れてみてはどうでしょうか。
これで同じ症状になれば、動画側に原因があると思います。
ちなみに、他の動画でそういうことになったことはありませんか?...
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