質問者が納得ステレオミキサーを選択してしまうとScarlett2i2のマイクの音は流れないですね。
マイクはScarlett2i2に接続しているはずですから、Niconico LIve Encoderのデバイス欄にはScarlett2i2を選択してあげないとマイクの音は流れないです。
もしかしたらUSB接続の他にも何かのケーブルを利用して「擬似ステレオミキサー」とかしていますか？
PCの設定はOSの種類で違うのにOSの種類も書いてないですね。
具体的にScarlett2i2とPCとはどのように接続していますか？
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