質問者が納得何も考えずに普通にiTunesに2台を繋げるだけで、
2つのiPodをそれぞれ普通に使えるはずです。
それだけです。
もしも、2つのiPodでライブラリを使い分けたいのであれば、
1台のコンピュータで複数の iPod を利用する方法
http://support.apple.com/kb/HT1495?viewlocale=ja_JP
における、2番目の方法を使います。
あなたの場合、要は「iPod shuffleの方に曲を選んで送りたい」、
のでしょうから、shuffleへの転送用のプレイリストを...
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