質問者が納得CD6004(最新モデル)のマニュアルですが、MP3等の音楽ファイルを複数のフォルダに入れている場合、メディアを読み取る時に自動的に各フォルダの再生順番を設定します。
また、各フォルダの中のファイルが、記録メディアに登録された日時の古いファイルから順に再生するとあります。
最新機種でもこの様な仕様ですので、CD6003でも同様の仕様かもしれません。
もしUSBメモリーが有れば、こちらに複数フォルダで記録されて試して見る事もお勧めします。(注意:削除や追加を繰り返すと、順番に再生されなくなります)
私もCD6
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