質問者が納得普通に、USB3.0の転送速度不足なんじゃないでしょうか。
LEDランプが緑であろうと、それだけでは不安定さは計れません。
現在はマザーボードのUSB3.0を使ってるってことですよね。
別途、フルスペックのUSB3.0のボードを買って取り付けてみてはいかがでしょう。
数千円程度の出費だし、試してみてもいいのではないでしょうか。
以下のページの「MonsterX U3.0R」の項目を参考にどうぞ。
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n2078
【補足】に...
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