質問者が納得OSの方の設定は分かりませんがSkypeの方を以下の様に確認して見て下さい。
Skypeの設定のオーディオ設定で〝マイク・スピーカ設定を自動調整〟にチェックが入っていたら〝外して〟〝保存〟します。
Skypeを終了して再起動した時に設定が保たれていればPC起動時も大丈夫と思うのですが如何でしょう、お試し下さい。
PC起動時にSkypeが同時起動する設定になっていたら、解除してみるなども確認して見ましょう。
検証はしていませんので解消できなくても堪忍してくださいm( _ _ )m
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