質問者が納得その中の何かしらのファイルが肥大化しているのでは？
まずはセーフモードで起動した際に同じ症状が現れるかどうかを確認。
現れなければ常駐しているソフトに問題があると思われるので、
msconfigでスタートアップを何ブロックかに分けて停止させる。
変わらず現れたら別のソフトで分析し直すか、
http://www.gigafree.net/utility/analyze/freediskusageanalyzer.html
隠しファイル・保護されたシステムファイルを表示させて探っていく。
これでだめならちょ...
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