質問者が納得調べてみましたら、携帯動画変換君のコアであるFFmpegが吐くAVIはくせがあるらしく、処理に失敗するケースがあるようです。
調べた先ではAviUtlを薦められていましたが、既に試して失敗されているようなので、今のところは３つ方法を挙げておきます。
１．オリジナルのデータ(変換君やCraving Explorerによる変換を通さないもの)を直接UniteMovie等に読み込ませる
２．Windowsムービーメーカーで読み込み、結合させる。この場合、変換なし、あるいはCraving Explorerで変換し...
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