質問者が納得OS＆アプリはSSD側、データ類はHDD側に保存の方が良いです。
HDDに音楽、その他データで問題ないと思いますよ。
システムはクリーンな状態にしておいた方が良いのでSSDにシステムインストール後、
移行アシスタントでTime Machineに使用したHDDからデータを戻す形にする方が良いかと。
追記
あくまでも予想の範囲ですが、振動でというよりも
HDDに不良セクタがあってそれがトリガーになっている場合もあるかもしれません。
不調になる直前等に虹色くるくるカーソルの症状が出たりなどしませんでしたか？
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