質問者が納得これはFFMPEGのログですよね。これを見る限りだと変換自体のエラーではないようです。
変換時にQT3GPPFlattenを使う設定になっていませんか？QuickTimeのバージョンによっては、変換時にこれがエラーとなって完了しない場合があります。少し古めのバージョンに戻すかしてみるとうまくいく場合があります。公式のWikiあたりにバージョンによる挙動についてまとめられていたと思います。
どうしても今のバージョンのものを使いたい場合は、変換設定のオプションでQT3GPPFlattenを使わないように設定する...
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