質問者が納得オーサリングするときのアスペクト比指定を間違えてるのでしょう。mpegはアスペクト比を情報として持ってます。mpegにするときにその指定を間違えると、オーサリング時にアスペクト比を指定できないソフトを使うとmpegの情報をそのまま使います。オーサリング時にアスペクト比を指定できるソフトの場合は、それをちゃんと指定してください。
補足
オペレーションに間違いないのなら、メーカー側に問い合わせた方がいいでしょう。細かい情報と再現性がないとメーカー側はバグとしては認めないと思いますが…
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