D5000 隙間の解決方法

質問者が納得フラッシュを閉じる時、全く隙間がないと止め金具の爪に引っかからない為、その1mm程度の余裕が取ってあると思います。爪でこじ開けようとすると3mm程開くのは爪の可動部分の遊びが伸びているからではないでしょうか、普段使っていて、フラッシュのタイミングが遅れ、暗い写真を連発するようになってから販売店若しくはメーカーの方へ相談されるのが良いと思いますよ。