質問者が納得ビデオ出力に設定などありません。常に両方から出力されます。
問題があるとすればビデオのＳ端子出力回路や端子そのもののか、あるいは受け側（入力側）の方です。
受け側の問題を説明すると、基本的に大半の機種はＳ端子とＲＣＡ端子（黄色い端子）の両方に入力接続された場合、Ｓ端子側を優先させるように出来ています。
（ただ、そうでない機種も存在するので確認が必要です。）
受け側が原因だとすれば、Ｓ端子等の不具合か、どちらかを選択する切り替えスイッチや設定があるものと思われます。
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