質問者が納得Cドライブが原因だとすると、全体的に動作が遅くなると思います。
ネットを見たり、SAI以外のソフトなどの動作はいかがでしょうか?
一応Cドライブのエラーチェックはした方がいいと思いますが、不具合がSAIだけで起こっているなら、Cドライブが原因の確率は低そうです。
下のサイトにあるような、OS側のタブレット機能を無効にする操作はしていますでしょうか?
http://wazly.blog87.fc2.com/blog-entry-9.html
まだしていなければ、上のサイトを参考にしてやってみてください。
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