質問者が納得CPUの熱が問題なら扇風機当ては効果があります（例外有り）。フィン（鉄の部分）が露出していますから。
ですがグラフィックボードの場合はフィンがプラスチックのケースに覆われていますので「扇風機を当てて改善しない＝熱が原因でない」とは言えません。
可能性としてグラフィックボードの発熱が考えられます。
起動して5分程度たったときに、なにもプログラムを起動していない状態で直接グラフィックボードを触ってみて熱くて触れないくらいだったら、可能性大です。重い処理でもしてない限り、触れます。
私は実際にそのような...
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