質問者が納得USB出はなくHDD側に原因がある場合も有りますがその可能性は無しですか?
USBで間違いないのであればドライバー周りが考えられます。
遅くなったときそのまま使っていたらまた速度回復しませんか?
アクセスのタイミングなど色々考えられますがこれと言った修復方は・・・
基本的なことでデバイスマネージャーからドライバーを消して再起動後USB再接続などを試してみることですね。
ちなみに、1.1を混在しても遅くなりません。
私は1つのハブに1.1と2.0使ってますが転送速度が出ています。
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