質問者が納得この症状の場合、修理だと21,000円かかるかと思われます。
http://pub.brother.co.jp/pub/jp/support_info/spotrepair/fare.pdf
ブラザーのDCP-7040に買い換えてはどうでしょうか?
プリンタ・カラースキャナ・コピーでADF(自動原稿送り装置)付です。
http://www.brother.co.jp/product/mfc/info/dcp7040/index.htm
こちらはDCP-1000Jと比較すると以下の点で劣っています。
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