質問者が納得過去にやった事ありますが、部分的なエラーだけならエラーを無視してコピーするソフト・方法で可能です。
（ソフト名は海外のソフトでしたが名前忘れました・・・すみません）
あとはエラーを無視してコピーする方法（もしOS起動ディスクのコピーならパーティション構成とMBR修正が必要ですが）を試す。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/446xcopy/xcopy.html
あとバックアップソフトには「不良セクタスキップ」機能があるものも存在しますからその方法で。
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