質問者が納得拝見させて頂きました。以下コメント、ご参考まで。
①HDD1＝1TB、HDD2＝500GBとの事ですが、BTO完成後HDD1がメイン「Cドライブ」、HDD2がバックアップ・大量データ保存用「D（その他）ドライブ」となるでしょうから、HDD1＝500GB、HDD2＝1TBのほうが使い勝手は良いのでは。
②確認。「IEEE1394インターフェイス 無し」とありますが、M/B GIGABYTE 「GA-EP45-UD3R」には「IEEE1394」がオンボードで２つあるので、無し（要らない）という意味ですね。
③C...
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