質問者が納得俗一般に言われるPIO病にかかっているようですね。
PIO病は簡単に改善する方法からレジストリやBIOSなどで設定しないと改善しない難解なものまであります。
これといった対処法はないのですが、すでにIDEチャンネルの確認までされているようなので、ご自分で色々検索して試されたのでしょう。
まずは下記を試してください。
http://d.hatena.ne.jp/mut3/20070122
これでも改善しない場合は、かなり根が深いことになります。
「PIO病」で検索するとたくさんヒットするはずなので探してみて...
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