質問者が納得チャプターわけされていないDVDをチャプターわけする場合
MPEGに変換して、動画編集ソフトまたはオーサリングソフトでチャプターわけをすることができます。
その後、再度オーサリングソフトでDVD-Video形式で作成することになります。
http://www.katch.ne.jp/~kakonacl/douga/tmpgenc3/vob2mpeg.html
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail.php?queId=1137839
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