質問者が納得圧縮と暗号化は時間が掛かるので外付けドライブには向かない気がします。
中途半端な状態で放置しても繋げばまた実行されるでしょうから出来れば再び繋いでキャンセルするか、予めタスクマネージャーを起動させておいてから最もCPUの使用率が高いタスクの優先度を低くして続行してみて下さい。只、システムでのプロセスの筈なので不安定になるかもしれませんから余計な操作は一切行わない方が良いでしょう。
別なPCがあるのでしたらそちらにHDDのデータを移動させてから続行させれば早く終わる筈です。
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