質問者が納得Final Cut Studioのアプリケーションは起動ボリューム(内蔵HDD)にインストールする必要があると思いますが、テンプレートなどの付属コンテンツは外付けHDDにもインストール可能なようですね。
この辺は付属のマニュアルにも書かれていると思いますよ。
http://www.apple.com/jp/finalcutstudio/specs/
http://manuals.info.apple.com/ja/Installing_Your_Final_Cut_Studio_Software_jp.pd...
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