質問者が納得内蔵HDD側から起動して、ディスクユーティリティで外付け側のシステムのアクセス権の修復をしてみては如何でしょうか?
どうしても上手く行かないときは、専用のソフトウェアを使ってみるといいかもしれません。
自分は同じく10.3.9ですが、SilverKeeperというソフトウェアを使っています。
http://earlybirds.ddo.jp/namahage/inegalog/article.php?id=28
LaCie製のフリーウェアですが、LaCieのHDDでなくても利用は可能ですよ。
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