質問者が納得最初につないだ後は、再起動時にchkdskが実行されるので、それを通してからデフラグしてみてください。
再起動時はドライブをつないだままでいいと思いますが、認識しない場合は、再起動前にいったん外して、
再起動の時XPのロゴが表示された瞬間くらいにつないでみてください。
それでも解決しない場合は、ダーティビットをクリアする必要があります。検索するか再質問で。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/354chkntfs/chkntfs.html
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