質問者が納得USBを突然抜くのは確かによくはないですが、それが原因ではないでしょう。
前々から異音がしたり、リトライを繰り返したりとすでにHDD自体に物理障害が発生しつつの状態だったようです。壊れかけのHDDをそのまま無理に使っていたので、徐々に悪化していってると思われます。
まだ認識ができるということなら何度か電源のON/OFFを繰りかえして、運良く正常に認識できたときにできるだけ重要なデータから優先的にコピーとりましょう。
特にケースから取り外してもあまり状況は変わらないと思いますが、まぁ一応駄目もとで試すのはいい...
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