質問者が納得私も似たような状態です。 但し状況は比較的はっきりしてます。 私はBuffaloのHDDをUSBやIEEE1394でつないでいますがメモリスティックを挿すと接続が切れます。
相性とかの関係かと思ってあきらめてます。
あなたの場合も接続にハブを使ってたり挿す場所が変わっていたりしてませんか。
挿すポートが変わればドライバは再インストするようですし、本体からの電源供給が足りなくなって認識しなくなったりするみたいです。
ドライバを最新のものにしたら直る場有もあるようです。
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