質問者が納得使い始める前にMacOS拡張(HFS+)でフォーマット（初期化、消去）しましたか？
もしMac OS Xでフォーマットしたのなら、「OS9ドライバを含む」とかいうチェックが外れていたのかも。
もう一度MacOS Xのディスクユーティリティでフォーマットし直してみては？
フォーマットさえすれば、OS9でFile Exchangeの操作はする必要はありませんよ。
これからフォーマットするとこれまで入れたデータは消えるので、まず別のHDなどにバックアップする必要があります。
機種が不明ですが、PowerMac...
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