質問者が納得NTFSフォーマットなら
フォルダの共有設定をして、アクセス権限つければ
見れなくなります。(外づけHDDはデフォルトはたいていFAT32フォーマットになってる)
そうでないなら、フォルダやファイルを暗号化するソフトがあるので
つかってください。
おすすめは、アタッシュケースというフリーソフトです。
http://homepage2.nifty.com/hibara/software/atcs.htm
あと、圧縮ソフトのパスワード付のものでもフォルダごと圧縮してパスワード付にできます。
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