質問者が納得結論から言うと、電源容量不足の可能性があると思います。
計算がおかしいところがいくつかあります。
HDDの消費電力を記載されていますが、その数字は正確ではありません。320GBの方は起動時5.5wと明記されていますし、1TBの方はアイドル時5.2wとしか表記がないので、想像ですが起動時は20w近く(もしくはもっと)消費しているはずです。
加えて、M/B自体やMEM(3.3v系)の電力に言及がないのですが、これも大きな消費源です。
仮にざっとでCPU以外の12v系を計算すると、HDD2台で30w、M/B...
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