質問者が納得うる覚えですが、VIAのチップセット（S-ATA）はS-ATA2のHDDを標準で認識できないことはありませんでしたっけ？
つまり、お使いの日立HDDのS-ATAのモードがS-ATA2になっていると言うことです。
これは日立のHDDユーティリティから変更できるんですが、そもそもそのチップセットが
S-ATA2をサポートしていない場合、別のPCに繋いで設定を変更しないとダメかもしれませんよ。
VIAチップセット S-ATAⅡ等で検索してみてください。http://itpc.blog87.fc2.com/...
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