質問者が納得SATA接続ならジャンパーピンの設定は必要ありません。
（設定が必要なのはパラレル（IDE）接続の場合）
OS側から認識しないのであれば、単に初期化していないだけではないでしょうか。
HDDを新品で購入したのなら、初期化しないと認識しませんよ（※フォーマット済みHDDは除く）
http://freesoft.tvbok.com/tips/pc_windows/hdd_windows.html
http://faq.epsondirect.co.jp/faq/edc/app/servlet/relatedq...
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