質問者が納得予測ですが・・・・・
「電源容量」は、不足していませんか？
大容量のHDDを、３つも接続するならば、
750W以上の電源ユニットが必要と思いますが？
起動中に、電源ユニット後方の排熱風を
手で確認してください。熱く感じるようなら、
完全に過負荷状態だと思います。
充分な電力を供給出来なくなると、
接続したデバイスの確認が、不安定になったりします。
「補足回答」
ああ、なるほど。
一回、CMOSをクリヤしてみてはいかがでしょう？
BIOSの認識のところで、エラーが発生しているのでは？
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