質問者が納得https://discussionsjapan.apple.com/thread/10094959?start=0&tstart=0
に答えが書いてありますね。
（以下引用）
>WD5000AAKXは、SATA-III 6.0Gbps製品なので、下の図の方ですから、
>5-6番ピンにショートピンを挿しても、3.0Gbpsモードにしかなりません。
3.0Gbpsの設定の仕方は
http://club.coneco.net/user/16448/review/91554/
を参考にしてみ...
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