質問者が納得OSが立ち上がらなくなる前に何か特別な作業はしましたか？
HDDは認識しているようですね。
もしかすると一部に不良セクタ等発生している場合も考えられますが、
EFIシステムパーティション内の重要ファイルが消えてしまったような感じです。
Windows8のインストールディスクを用いて、スタートアップの修復を試みてください。
【補足について】
現在はブートの一覧に「SATA Drive1⇒Hard Disk ST1000DM003-1CH162」
が設定されていると解釈してよろしいでしょうか？
そもそも...
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