質問者が納得LSIの8888ELPや9265シリーズを利用してHPCを製作していた経験がある者です。
BIOSのデバイスBoot順位を確認してみてください。
LSIロジックのRAIDコントローラはBoot可能なので、おそらくBIOSのHard Driveのところに
コントローラのエントリが追加されていると思います。
確かRAIDアレイ作成前でもBIOSにBootエントリだけは追加されると思いましたので、、
（勘違いだったらすいません）
なのでBoot順位を現在OSが入っているHDDを一番上にすればよいでしょう。
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